MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus warneri SG1 plasmid clone pvSw5 genomic sequence

Total Repeats: 379

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020267	CGCCGA	2	12	1	12	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	449338616
2	NC_020267	GACGCT	2	12	17	28	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	449338616
3	NC_020267	TAA	2	6	91	96	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338616
4	NC_020267	CA	3	6	99	104	50 %	0 %	0 %	50 %	449338616
5	NC_020267	ATT	2	6	124	129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338616
6	NC_020267	GCA	2	6	131	136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338616
7	NC_020267	CGT	2	6	161	166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	449338616
8	NC_020267	ATA	2	6	174	179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338616
9	NC_020267	AAT	2	6	186	191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338616
10	NC_020267	TAA	2	6	288	293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338617
11	NC_020267	A	7	7	292	298	100 %	0 %	0 %	0 %	449338617
12	NC_020267	AATC	2	8	397	404	50 %	25 %	0 %	25 %	449338617
13	NC_020267	TTA	2	6	419	424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338617
14	NC_020267	T	6	6	447	452	0 %	100 %	0 %	0 %	449338617
15	NC_020267	AGA	2	6	455	460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338617
16	NC_020267	AGT	2	6	478	483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338617
17	NC_020267	TTA	2	6	666	671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338618
18	NC_020267	CTA	2	6	685	690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338618
19	NC_020267	AT	3	6	717	722	50 %	50 %	0 %	0 %	449338618
20	NC_020267	AG	3	6	734	739	50 %	0 %	50 %	0 %	449338618
21	NC_020267	TCA	2	6	754	759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338618
22	NC_020267	GAA	2	6	814	819	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338618
23	NC_020267	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338618
24	NC_020267	TGA	2	6	853	858	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338618
25	NC_020267	AT	3	6	862	867	50 %	50 %	0 %	0 %	449338618
26	NC_020267	AATC	2	8	956	963	50 %	25 %	0 %	25 %	449338618
27	NC_020267	TTA	2	6	975	980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338618
28	NC_020267	TTA	2	6	987	992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338618
29	NC_020267	ATT	2	6	1016	1021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338618
30	NC_020267	TAA	2	6	1114	1119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338618
31	NC_020267	ATC	2	6	1134	1139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338618
32	NC_020267	GAA	2	6	1153	1158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338618
33	NC_020267	TA	3	6	1224	1229	50 %	50 %	0 %	0 %	449338618
34	NC_020267	GTAT	2	8	1379	1386	25 %	50 %	25 %	0 %	449338619
35	NC_020267	A	6	6	1404	1409	100 %	0 %	0 %	0 %	449338619
36	NC_020267	CTT	2	6	1426	1431	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338619
37	NC_020267	TAG	2	6	1470	1475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338619
38	NC_020267	CATGGG	2	12	1479	1490	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	449338619
39	NC_020267	AAC	2	6	1522	1527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338619
40	NC_020267	ACA	2	6	1573	1578	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338619
41	NC_020267	AAGG	2	8	1588	1595	50 %	0 %	50 %	0 %	449338619
42	NC_020267	TAT	3	9	1734	1742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338619
43	NC_020267	TAT	2	6	1754	1759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338619
44	NC_020267	TTA	2	6	1790	1795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338619
45	NC_020267	A	7	7	1802	1808	100 %	0 %	0 %	0 %	449338619
46	NC_020267	A	7	7	1828	1834	100 %	0 %	0 %	0 %	449338620
47	NC_020267	ATTT	2	8	1837	1844	25 %	75 %	0 %	0 %	449338620
48	NC_020267	A	7	7	1894	1900	100 %	0 %	0 %	0 %	449338620
49	NC_020267	AAG	2	6	1979	1984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338620
50	NC_020267	AT	3	6	1994	1999	50 %	50 %	0 %	0 %	449338620
51	NC_020267	TAATT	2	10	2013	2022	40 %	60 %	0 %	0 %	449338620
52	NC_020267	TAG	2	6	2051	2056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338620
53	NC_020267	GCC	2	6	2097	2102	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	449338620
54	NC_020267	AAG	2	6	2110	2115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338620
55	NC_020267	CTG	2	6	2138	2143	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	449338620
56	NC_020267	AGC	2	6	2187	2192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338620
57	NC_020267	TAA	2	6	2293	2298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338621
58	NC_020267	ACG	2	6	2304	2309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338621
59	NC_020267	T	6	6	2329	2334	0 %	100 %	0 %	0 %	449338621
60	NC_020267	TAC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338621
61	NC_020267	TAA	2	6	2438	2443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338621
62	NC_020267	AGA	2	6	2465	2470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338621
63	NC_020267	AATG	2	8	2471	2478	50 %	25 %	25 %	0 %	449338621
64	NC_020267	ACC	2	6	2499	2504	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	449338621
65	NC_020267	AGT	2	6	2532	2537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338621
66	NC_020267	AAT	3	9	2543	2551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338621
67	NC_020267	CCA	2	6	2559	2564	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	449338621
68	NC_020267	GAT	2	6	2591	2596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338621
69	NC_020267	ACC	2	6	2597	2602	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	449338621
70	NC_020267	TAG	2	6	2641	2646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338621
71	NC_020267	AAT	3	9	2690	2698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338621
72	NC_020267	TTA	2	6	2725	2730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338621
73	NC_020267	TAC	2	6	2755	2760	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338621
74	NC_020267	ATTTTT	2	12	2807	2818	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	449338621
75	NC_020267	A	8	8	2849	2856	100 %	0 %	0 %	0 %	449338621
76	NC_020267	TGG	2	6	2915	2920	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	449338621
77	NC_020267	TAA	3	9	2921	2929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338621
78	NC_020267	AAAT	2	8	2977	2984	75 %	25 %	0 %	0 %	449338621
79	NC_020267	CCT	2	6	2985	2990	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	449338621
80	NC_020267	TAAC	2	8	3001	3008	50 %	25 %	0 %	25 %	449338621
81	NC_020267	TTG	2	6	3019	3024	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338621
82	NC_020267	AAT	2	6	3050	3055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338622
83	NC_020267	ATTA	2	8	3067	3074	50 %	50 %	0 %	0 %	449338622
84	NC_020267	TTC	2	6	3097	3102	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338622
85	NC_020267	CTA	2	6	3120	3125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338622
86	NC_020267	ATA	2	6	3140	3145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338622
87	NC_020267	T	7	7	3206	3212	0 %	100 %	0 %	0 %	449338622
88	NC_020267	TCC	2	6	3215	3220	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	449338622
89	NC_020267	ATC	2	6	3272	3277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338622
90	NC_020267	TAT	2	6	3282	3287	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338622
91	NC_020267	AT	3	6	3294	3299	50 %	50 %	0 %	0 %	449338622
92	NC_020267	A	6	6	3472	3477	100 %	0 %	0 %	0 %	449338623
93	NC_020267	AATT	2	8	3506	3513	50 %	50 %	0 %	0 %	449338623
94	NC_020267	GAA	2	6	3529	3534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338623
95	NC_020267	TTA	2	6	3562	3567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338623
96	NC_020267	AAC	3	9	3722	3730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338623
97	NC_020267	AGA	2	6	3759	3764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338623
98	NC_020267	GTT	2	6	3880	3885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338623
99	NC_020267	CAAA	2	8	3927	3934	75 %	0 %	0 %	25 %	449338623
100	NC_020267	TAT	2	6	3984	3989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338623
101	NC_020267	AGA	2	6	3996	4001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338623
102	NC_020267	AC	4	8	4021	4028	50 %	0 %	0 %	50 %	449338623
103	NC_020267	AAC	2	6	4038	4043	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338623
104	NC_020267	GCG	2	6	4058	4063	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	449338623
105	NC_020267	GCA	2	6	4081	4086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338623
106	NC_020267	ATT	2	6	4090	4095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338623
107	NC_020267	GA	3	6	4119	4124	50 %	0 %	50 %	0 %	449338623
108	NC_020267	T	6	6	4133	4138	0 %	100 %	0 %	0 %	449338623
109	NC_020267	A	7	7	4165	4171	100 %	0 %	0 %	0 %	449338623
110	NC_020267	A	6	6	4192	4197	100 %	0 %	0 %	0 %	449338623
111	NC_020267	ATG	2	6	4288	4293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338623
112	NC_020267	GAAAAA	2	12	4305	4316	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	449338623
113	NC_020267	AGA	2	6	4413	4418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338623
114	NC_020267	GAT	2	6	4426	4431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338623
115	NC_020267	AT	3	6	4455	4460	50 %	50 %	0 %	0 %	449338623
116	NC_020267	ATTT	2	8	4487	4494	25 %	75 %	0 %	0 %	449338623
117	NC_020267	T	6	6	4522	4527	0 %	100 %	0 %	0 %	449338624
118	NC_020267	A	6	6	4580	4585	100 %	0 %	0 %	0 %	449338624
119	NC_020267	ATT	2	6	4600	4605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338624
120	NC_020267	AT	3	6	4629	4634	50 %	50 %	0 %	0 %	449338624
121	NC_020267	TGA	2	6	4644	4649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338624
122	NC_020267	TGA	2	6	4764	4769	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338624
123	NC_020267	T	6	6	4893	4898	0 %	100 %	0 %	0 %	449338624
124	NC_020267	GTG	2	6	4946	4951	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	449338624
125	NC_020267	ATTTT	2	10	4952	4961	20 %	80 %	0 %	0 %	449338624
126	NC_020267	ATC	2	6	5016	5021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338624
127	NC_020267	TGGCC	2	10	5092	5101	0 %	20 %	40 %	40 %	449338624
128	NC_020267	AAAC	2	8	5167	5174	75 %	0 %	0 %	25 %	449338624
129	NC_020267	T	7	7	5184	5190	0 %	100 %	0 %	0 %	449338624
130	NC_020267	CAC	3	9	5240	5248	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	449338624
131	NC_020267	A	7	7	5266	5272	100 %	0 %	0 %	0 %	449338624
132	NC_020267	TACAAA	2	12	5322	5333	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	449338624
133	NC_020267	AGG	2	6	5360	5365	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	449338624
134	NC_020267	TGG	2	6	5373	5378	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	449338624
135	NC_020267	CAAT	2	8	5393	5400	50 %	25 %	0 %	25 %	449338624
136	NC_020267	TCA	2	6	5420	5425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338624
137	NC_020267	AC	4	8	5500	5507	50 %	0 %	0 %	50 %	449338624
138	NC_020267	GAT	2	6	5527	5532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338624
139	NC_020267	AT	3	6	5612	5617	50 %	50 %	0 %	0 %	449338624
140	NC_020267	TAATGA	2	12	5628	5639	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	449338624
141	NC_020267	AAT	2	6	5644	5649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338624
142	NC_020267	CA	3	6	5678	5683	50 %	0 %	0 %	50 %	449338624
143	NC_020267	TTAT	2	8	5726	5733	25 %	75 %	0 %	0 %	449338624
144	NC_020267	ATT	2	6	5803	5808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338624
145	NC_020267	TTG	2	6	6108	6113	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338625
146	NC_020267	AT	3	6	6145	6150	50 %	50 %	0 %	0 %	449338625
147	NC_020267	ATT	2	6	6179	6184	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338625
148	NC_020267	AAATT	2	10	6190	6199	60 %	40 %	0 %	0 %	449338625
149	NC_020267	CAT	2	6	6271	6276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338625
150	NC_020267	ACT	2	6	6308	6313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338625
151	NC_020267	TAA	2	6	6320	6325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338625
152	NC_020267	A	6	6	6333	6338	100 %	0 %	0 %	0 %	449338625
153	NC_020267	ATTA	2	8	6656	6663	50 %	50 %	0 %	0 %	449338626
154	NC_020267	TTC	2	6	6690	6695	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338626
155	NC_020267	GCA	2	6	6748	6753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338626
156	NC_020267	T	6	6	6762	6767	0 %	100 %	0 %	0 %	449338626
157	NC_020267	ATT	2	6	6775	6780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338626
158	NC_020267	AAT	2	6	6868	6873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338626
159	NC_020267	CAA	2	6	6893	6898	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338626
160	NC_020267	ATC	2	6	6903	6908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338626
161	NC_020267	TTG	2	6	6948	6953	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338626
162	NC_020267	CAT	2	6	6959	6964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338626
163	NC_020267	GATC	2	8	7004	7011	25 %	25 %	25 %	25 %	449338626
164	NC_020267	ATA	2	6	7012	7017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338626
165	NC_020267	AATT	2	8	7107	7114	50 %	50 %	0 %	0 %	449338626
166	NC_020267	TTC	3	9	7122	7130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338626
167	NC_020267	CT	3	6	7147	7152	0 %	50 %	0 %	50 %	449338626
168	NC_020267	TGC	2	6	7191	7196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	449338626
169	NC_020267	AAAT	2	8	7211	7218	75 %	25 %	0 %	0 %	449338626
170	NC_020267	ATT	2	6	7225	7230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338626
171	NC_020267	GAT	2	6	7242	7247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338626
172	NC_020267	GTAAT	2	10	7262	7271	40 %	40 %	20 %	0 %	449338626
173	NC_020267	CAC	2	6	7352	7357	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	449338626
174	NC_020267	TAC	2	6	7397	7402	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338626
175	NC_020267	GGTAAT	2	12	7464	7475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338626
176	NC_020267	GAT	2	6	7508	7513	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338626
177	NC_020267	T	6	6	7521	7526	0 %	100 %	0 %	0 %	449338626
178	NC_020267	TCT	2	6	7541	7546	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338626
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181	NC_020267	TCA	2	6	8184	8189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338627
182	NC_020267	A	7	7	8257	8263	100 %	0 %	0 %	0 %	449338627
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184	NC_020267	TGA	2	6	8283	8288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338627
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186	NC_020267	GTG	2	6	8313	8318	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	449338627
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189	NC_020267	A	6	6	8374	8379	100 %	0 %	0 %	0 %	449338627
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192	NC_020267	TTA	2	6	8417	8422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338627
193	NC_020267	AAT	2	6	8490	8495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338627
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196	NC_020267	TA	3	6	8654	8659	50 %	50 %	0 %	0 %	449338627
197	NC_020267	TAT	2	6	8904	8909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338628
198	NC_020267	ACC	2	6	8950	8955	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	449338628
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220	NC_020267	CAT	2	6	9866	9871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338629
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265	NC_020267	TA	3	6	11467	11472	50 %	50 %	0 %	0 %	449338631
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.